La biodiversidad forma parte intangible del patrimonio nacional: en la agricultura, en la medicina, en actividades pecuarias, incluso en ritos, costumbres y tradiciones culturales. Esta línea está enfocada en la generación de conocimiento para un mejor aprovechamiento de la biodiversidad local, basado en la caracterización agronómica, morfológica, genómica, física, bioquímica y usos ancestrales de los recursos naturales locales. Esta información será fundamental para establecer planes de manejo, de producción y de conservación del patrimonio natural.

La sanidad animal resulta fundamental para garantizar la salud pública y la seguridad y abastecimiento de alimentos.  El estudio de la salud animal es clave para el crecimiento del sector ganadero del país. Estudios de distribución y diversidad ganadera y de los aspectos epidemiológicos y productivos que afectan a la ganadería ecuatoriana  son fundamentales para dar sostenibilidad al desarrollo del sector agrario y rural. 

Las investigaciones que se desarrollen en esta línea estarán enfocadas a promover el desarrollo de tecnologías y procesos que permitan mejorar el rendimiento productivo y la transformación de materias primas en productos  de alto valor añadido, fomentando la producción industrial más limpia y el diseño de nuevos sistemas de producción industrial. Así como diseñar sistemas de control para la producción de bienes y servicios de las empresas públicas y privadas, con el fin de contribuir al desarrollo socioeconómico del país y al cambio de la matriz productiva de la zona.

Esta línea de investigación abarca tres grandes ejes para su accionar investigativo, que están en correspondencia con los objetivos nacionales e internacionales de investigación, desarrollo tecnológico e innovación en esta área. Se integran todas aquellas investigaciones que busquen promover el aprovechamiento de las energías alternativas y renovables,  fomentar y promocionar el uso eficiente de la energía (Eficiencia Energética) en los diferentes sectores (Industrial, Residencial, Publico, Transporte y Agrícola), y reducir el impacto medioambiental derivado de la utilización de los recursos energéticos. 

Los proyectos de investigación que se enmarquen en esta línea tendrán como objetivos desarrollar tecnologías y herramientas informáticas de apoyo a la incorporación de planes y programas de desarrollo, utilizar las TICs para la optimización y sistematización de procesos y diseñar tanto software como sistemas informáticos y métodos de inteligencia artificial. En el campo del diseño gráfico se buscará optimizar los procesos de elaboración, presentación y propuestas gráficas y desarrollar proyectos innovadores de diseño gráfico aplicados a distintas áreas del conocimiento.

Las investigaciones que se desarrollen en esta línea fomentarán la implementación de técnicas de gestión de calidad en los diferentes sistemas productivos, la evaluación y prevención de riesgos laborales y la aplicación de medidas y actividades necesarias para la prevención de riesgos derivados del trabajo.

Esta línea está orientada a generar investigaciones que aborden temas relacionados con la mejora de los procesos administrativos e indaguen en nuevos modelos económicos que repercutan en la consolidación del estado democrático, un sistema económico solidario y sostenible que fortalezca la ciudadanía contribuyendo a impulsar la transformación de la matriz productiva. 

El objetivo de esta línea es promover investigaciones relacionadas con el ámbito educativo y de la comunicación en todos sus niveles, aspectos y epistemologías, orientadas a solucionar los problemas a los que se enfrenta la comunidad educativa y social en general (docentes, estudiantes y ciudadanía) y que repercutan en la transformación e innovación de espacios e instituciones para la mejora de la calidad de vida de la población. 

Esta línea pretende fomentar investigaciones interdisciplinares y transdisciplinares que reconozcan los saberes y conocimientos ancestrales como parte del acervo cultural y del patrimonio histórico de las comunidades originarias, revalorizando el importante recurso que estos saberes constituyen para la sociedad y permitan proteger y conservar la diversidad cultural que caracteriza a nuestro entorno. 

El turismo sostenible tiene como finalidad favorecer la conservación de los recursos naturales, culturales y patrimoniales, así como potenciar el desarrollo socioeconómico de las comunidades locales, a través del conocimiento y aprovechamiento del patrimonio natural y cultural. En consecuencia, el objetivo de esta línea es el diagnóstico, análisis, diseño y ejecución de modelos turísticos sostenibles que respondan a estas necesidades.